忍者现在也存在于日本。其数量约为20万。被称为“NIN（National Intelligence of NINJA）”的忍者组织不受国家文官统制，那些精锐们秘密地从事暗杀和破坏活动。然而，还有一个与“NIN”敌对的另一个忍者组织“UN”。忍者和忍者——暗斗的最后将会是什么结局？然后，被投入战斗最前线的云隐九郎等下忍的命运是？